Covid-19 : Le C.1.2, un nouveau variant identifié en Afrique du Sud sous surveillance

Le variant C.1.2 mute deux fois plus rapidement que le taux moyen de tous les autres variants observés à ce jour, selon une étude préliminaire de l’institut sud-africain des maladies transmissibles.

Plus le virus circule, plus il est susceptible de muter, alerte la communauté scientifique depuis des mois. Et cela est largement prouvé avec l’apparition de variants plus résistants les uns que les autres et plus contagieux. Cela ressemble à une histoire sans fin : après le Delta, d’autres mutations inquiètent les épidémiologistes. À commencer par le C.1.2, classé pour l’instant comme variant potentiel d’intérêt. Observé au mois de mai en Afrique du Sud, il a depuis été retrouvé en Chine, en République Démocratique du Congo, à l’île Maurice, en Nouvelle-Zélande, mais aussi en Europe, comme en Angleterre, au Portugal et en Suisse. 

Au moment de sa découverte en Afrique du Sud, le variant descendait formellement de la mutation C.1, elle-même découverte en janvier. Or, d’après l’étude de l’institut national des maladies transmissibles d’Afrique du Sud, au stade de pré-impression et pas encore approuvée par les pairs, le variant a « considérablement muté » par rapport à sa mutation d’origine. Aujourd’hui, il se trouve plus éloigné de la souche originelle SARS Cov-2 que tous les autres variants observés jusqu’alors dans le monde. 

Autre inquiétude majeure retrouvée chez ce variant : son taux de mutation, qui s’élève à 41,8 mutations par an et qui est quasiment deux fois plus rapide que celui des autres variants. Une vitesse de mutation équivalente à celle-ci a déjà été constatée sur une courte période chez des souches particulièrement virulentes, comme l’Alpha, le Beta ou le Gamma, expliquent les auteurs. 

Concrètement, l’étude a rapporté « des augmentations constantes de génomes C12 en Afrique du Sud sur une base mensuelle, passant de 0,2% des génomes séquencés en mai à 1,6% en juin puis à 2% en juillet ». Autant d’éléments qui laissent imaginer que la souche C.1.2 risquerait d’échapper aux vaccins contre le Covid. D’ailleurs, parmi les mutations séquencées dans ce variant, N440K et Y449H ont déjà été associées à un risque d’échappement immunitaire. 

En d’autres termes, le variant pourrait être plus résistant à la vaccination mais aussi à une infection précédente causée par les variants Alpha ou Beta en raison de la présence de ces deux mutations, soulignent les auteurs. Or, le variant ayant été observé en majorité dans un pays peu vacciné (9,3% de la population sud-africaine a un schéma vaccinal complet), il parait encore tôt pour tirer des conclusions sur une éventuelle résistance vaccinale. Pour cela, il faudrait suivre de près la diffusion de la mutation C.1.2 au sein d’une population largement vaccinée.

À ce stade, plusieurs propriétés majeures de cette mutation sont encore inconnues, comme son taux de contagion ou sa dangerosité. Mais les experts de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) prennent le variant suffisamment au sérieux pour se pencher dessus. Selon l’épidémiologiste Eric Feigl-Ding, l’institution a commencé à enquêter et à suivre le variant C.1.2, pas encore classé comme préoccupant.